Seitdem die CICIG endete, erhöht sich der Druck auf jene Personen und Institutionen, die den Kampf gegen Korruption weiterführen wollen. Um Aufklärung zu verhindern, scheut die politische Elite Guatemalas auch nicht davor zurück, höchstgerichtliche Entscheidungen und damit die rechtsstaatliche Gewaltenteilung zu missachten. So geschehen im Fall der Ombudsstelle für Menschenrechte. Deren Ombudsmann Jordán Rodas hatte wiederholt Rechtsmittel zur Aufrechterhaltung der Arbeit der CICIG eingelegt. Als Konsequenz beschloss der Kongress nun mit einfacher Verfügung und während des laufenden Jahres, das Budget der Ombudsstelle um umgerechnet fast 3 Millionen Euro zu kürzen. Laut einem Urteil des Obersten Gerichts eine rechtswidrige Entscheidung, trotzdem gab das Finanzministerium die Summe nicht frei.
Die Angst vor den Ermittlungsergebnissen der CICIG ist groß und treibt nicht nur Präsident Morales um. Ende September leiteten der Präsident des Kongresses, Álvaro Arzú Escobar und sein Vize Felipe Alejos – beide der Korruption bezichtig – die Einsetzung einer Kommission ein, welche Einblick in alle Dokumente verlangt, in denen die CICIG und die Generalstaatsanwaltschaft kriminelle Strukturen innerhalb staatlicher Institutionen identifiziert hatte.

Der Abgeordnete Felipe Alejos forderte in einem emotionalen Medienauftritt die strafrechtliche Verfolgung der ehemaligen nationalen und internationalen Mitarbeitenden der CICIG sowie all jener, die den Kampf gegen die Korruption unterstützt hatten. Explizit nannte er dabei die Sonderstaatsanwaltschaft gegen die Straflosigkeit FECI und Vertreter*innen der Justiz. Der ehemalige Leiter der CICIG und Träger des alternativen Nobelpreises Iván Velásquez Gómez twitterte: „Es ist Angst, die Notwendigkeit, sich Straflosigkeit zu verschaffen“.
Obwohl das Verfassungsgericht Anfang Oktober einer Klage der Generalstaatsanwaltschaft statt gab und urteilte, die Kommission müsse ihre Arbeit einstellen, da ihr Agieren die Rechtsstaatlichkeit und Gewaltenteilung gefährde, fuhr die Kommission fort.
Ein weiterer Angriff auf die Rechtsstaatlichkeit betrifft das Auswahlverfahren für die Richter*innen des Verwaltungsgerichtes und zweitinstanzlicher Gerichte. Dem Urteil des Verfassungsgerichts, die Auswahl zu wiederholen, kommt der Kongress nicht nach. Zahlreiche Mitglieder des Kongresses haben ein dringendes Bedürfnis, auf diesem Wege jene Richter*innen zu bestimmen, die am Ende ihrer Amtszeit – und damit ihrer Immunität – über sie als mögliche Angeklagte in Korruptionsfällen entscheiden werden.

Bereits in der Endphase des Wirkens der CICIG wurden wieder Lecks in den staatlichen Rechts- und Sicherheitssystemen sichtbar. Außerdem wurden der Korruption bezichtigte Personen vor ihrer geplanten Inhaftierung gewarnt. Nun werden auch Vorfälle innerhalb jener Gerichtshöfe bekannt, die mit den Korruptionsfällen betraut sind. So fand am ersten Oktoberwochenende die Verhaftung einer Gerichtsmitarbeiterin statt, die beschuldigt wird, Originaldokumente aus den Akten jener Korruptionsfälle entwendet zu haben, die von der Richterin Érika Aifán bearbeitet werden. Nach der Freilassung ihrer Mitarbeiterin sagte sie die Anhörungen in fünf großen Korruptionsfällen ab und berichtete von einem Boykott der Antikorruptionsarbeit am Gerichtshof. Andere Richter*innen, die mit ähnlichen Fällen konfrontiert sind, drückten ihre Solidarität aus und forderten „die Unterstützung durch das Verwaltungsgericht, klare und direkte Äußerungen der Unterstützung und die Verurteilung von Angriffen auf Institutionen der Justiz und insbesondere auf die Gewaltenteilung und die Unabhängigkeit der Justiz.“
Für 2020 sieht der Kongress Budgetkürzungen der Justiz vor, dies betrifft auch den Kampf gegen Drogenmafias. Zahlreiche offene Korruptionsfälle verweisen auf eine enge Zusammenarbeit zwischen politischen Parteien, Regierungsmitgliedern und dem organisierten Verbrechen.
Dennoch ist, im Gegensatz zu den zahlreichen großen Demonstrationen von 2015 bis 2017, aktuell nur wenig Protest aus der Bevölkerung sichtbar. Die Frustration über die Folgen des 2015 groß gefeierten Sturzes von Präsident Otto Pérez Molina, eine fehlende Perspektive auf politischer Ebene, zermürbende Rechtsstreitigkeiten und die Erkenntnis, dass Demonstrationen alleine die Situation nicht tiefgreifend verändern werden, führen zu einem Stillstand. Nur in den sozialen Medien war Protest zu sehen. Als die Bäckereikette San Martín eine Unterschriftenliste auflegte, um die Ablösung des Ombudsmannes für Menschenrechte Jordán Rodas zu fordern, verbreitete sich der Slogan „Jordán ist wichtiger als dein Brot“ in Windeseile.

Die letzten drei Monate der Regierung Morales versprechen wohl weitere Angriffe auf die Rechtsstaatlichkeit, und auch wenn Meinungsverschiedenheiten zwischen ihm und dem zukünftigen Präsidenten Alejandro Giammattei immer wieder sichtbar werden, so gibt es doch auch für die Zeit danach keine Signale des politischen Willens für die Stärkung einer unabhängigen Justiz.
Der Konflikt zwischen Exekutive und Judikative verschärft sich. Die systematische Missachtung höchstgerichtlicher Entscheide kommt einem versuchten Staatsstreich gleich, mit dem die Regierung die Gewaltenteilung außer Kraft setzt, um autoritär zu herrschen.
Das autoritäre Verhalten der Regierung zeigte sich im September auch an dem verhängten Ausnahmezustand für 22 Munizipien im Nordosten des Landes. Dem vorausgegangen war die Ermordung von drei Soldaten in der Stadt El Estor unter bis heute nicht geklärten Umständen. Morales beschuldigte „Pseudomenschenrechtsverteidiger und Drogenhändler“ der Tat. In seiner Ansprache vor der UN Generalversammlung Ende September kündigte der Präsident an, dem UN Hochkommissariat für Menschenrechte den Zugang zu El Estor und die Beteiligung an Untersuchungen der Vorfälle nicht zu gestatten. Inzwischen wurde eine Verlängerung des Ausnahmezustands in der Region sowie in den Munizipien Nahualá und Ixtahuacán vom Kongress bestätigt. Morales machte keinen Hehl daraus, dass er den Ausnahmezustand und die damit verbundene Einschränkung der Grundrechte und erhöhte Militärpräsenz auch ohne solch eine Zustimmung verlängert hätte. Weil sich dort Minenprojekte und Plantagen zur Produktion von Palmöl befinden, schlussfolgert die unabhängige Nachrichtenseite Nómada, dass der Ausnahmezustand vor allem dazu diene, Proteste gegen Landenteignungen und Umweltzerstörungen zu unterdrücken.