Mitte April begann ein Massenprozess gegen 486 Personen, denen die Mitgliedschaft in der Mara Salvatrucha (MS-13) vorgeworfen wird. Unter ihnen befinden sich laut der Generalstaatsanwaltschaft mutmaßliche Anführer der Gang, denen unter anderem vorgeworfen wird, das Massaker an 87 Menschen am letzten Märzwochenende 2022 angeordnet zu haben. 413 von ihnen werden virtuell vor Gericht erscheinen, der Rest wird in Abwesenheit verurteilt. Nach Angaben der Regierung werden den Angeklagten 47.000 Straftaten zugeschrieben, die zwischen 2012 und 2022 begangen wurden.
UN-Experten haben die Praxis von Massenprozessen im Rahmen des Ausnahmezustands stark kritisiert, da diese ihrer Ansicht nach „die Ausübung des Rechts auf Verteidigung und die Unschuldsvermutung der Inhaftierten untergraben“. Als Reaktion auf die Kritik von prominenten Akteuren aus Wissenschaft und Menschenrechtsarbeit verglich Präsident Nayib Bukele dieses Vorgehen auf sozialen Medien mit den Nürnberger Prozessen.